Un fichier système (en anglais, system file) est un fichier contenant des données nécessaires au fonctionnement du système d'exploitation[1]. Certains de ces fichiers sont essentiels au bon fonctionnement de l'ordinateur et leur destruction ou leur modification peut empêcher l'ordinateur de faire certaines tâches ou même de démarrer.
Ces fichiers peuvent faire partie du système d'exploitation, d'un pilote de périphérique tiers ou peuvent provenir d'autres sources.
Dans MS-DOS, les fichiers avec l'extension de nom de fichier .sys sont des fichiers système.
Dans la famille de systèmes d'exploitation Windows NT, les fichiers système se trouvent principalement dans le dossier C:\Windows\System32. Dans Windows, par défaut, les fichiers système ne sont pas affichés dans l'Explorateur de fichiers pour réduire le risque qu'un utilisateur détruise un de ces fichiers par accident. Pour voir les fichiers système, l’utilisateur doit cocher une case à cet effet dans les options de l'Explorateur.
Sous Mac OS, les fichiers système sont dans le system suitcase (en)
Dans le système Linux, les fichiers système se trouvent dans les dossiers /boot (le noyau du système d'exploitation), /usr/sbin (le logiciel système) et /usr/lib/modules (les pilotes des périphériques).
