Chaque magasin, souvent placé au centre-ville, propose un vaste choix en alimentation et produits d'hygiène sur une surface moyenne de 1 300 mètres carrés. Les produits proposés sont en majorité de marques de distributeur : Hacendado (alimentation), Deliplus (hygiène) ou Bosque Verde (entretien). On peut également trouver dans les rayons quelques-uns de ces produits sous leur marque d'origine, lorsque cette marque leur est indissociable (par exemple Coca-Cola ou Danone).

La chaîne a été créée en 1977 par le Valencien Juan Roig, toujours à la présidence actuellement. Sa politique est basée sur le sigle SPB, « Siempre Precios Bajos » (des prix toujours bas). Elle place le client (« el Jefe », le Chef) à une importance supérieure à celle du travailleur, du fournisseur et du capital. Cet esprit se traduit notamment par de récents épisodes de grèves généralisées parmi le personnel des magasins.

Mercadona ouvre les 10 premiers magasins portugais, près de Porto, en 2019.