Nanobdellati

DPANN

Les Nanobdellati sont un règne de procaryotes du domaine des Archées. Ce règne correspond au super-phylum des DPANN, clade identifié en 2013, considéré comme la branche la plus basale de l'arbre phylogénétique des Archées.

Description

Selon la publication originale de Göker et Oren (2024)^[1], ce règne correspond au clade du « super-phylum DPANN » de Rinke et al. (2013)^[2] avec les ajouts suivants : il contient les phylums au nom valide des Nanobdellota et des Microcaldota, et, parmi les phylums Candidatus, au moins les Aenigmatarchaeota, Iainarchaeota, Nanohalarchaeota et Parvarchaeota^[1].

Selon Rinke et al. (2013)^[2], les petites cellules et la taille du génome sont des caractéristiques unificatrices du super-phylum DPANN. « DPANN » est un sigle basé sur les noms des cinq premiers groupes découverts, les Diapherotrites, Parvarchaeota, Aenigmarchaeota, Nanoarchaeota et Nanohaloarchaeota. Par la suite, les Woesearchaeota, Pacearchaeota^[3] puis les Altiarchaeota^[4], Micrarchaeota et Mamarchaeota^[5] y ont été ajoutés.

Les DPANN regroupent des phylums divers par leur milieu et leur métabolisme, allant des formes symbiotiques et thermophiles telles que les Nanoarchaeota, des acidophiles comme les Parvarchaeota et des non extrémophiles comme les Aenigmarchaeota et les Diapherotrites. Les DPANN ont également été détectés dans des eaux souterraines riches en nitrates, à la surface de l'eau mais pas en dessous, ce qui indique que ces taxons sont encore assez difficiles à localiser^[6].

Systématique

Le nom correct complet (avec auteur) de ce taxon est Nanobdellati Rinke et al. 2024. Le genre type est Nanobdella Kato et al. 2022, qui donne son nom au règne, avec la terminaison officielle (-ati) de la nomenclature procaryote^[7].

Liste des phylums

Selon la LPSN (15 mars 2025)^[7] :

Microcaldota Sakai et al. 2023
Nanobdellota Huber et al. 2023

Noms invalides :

"Candidatus Aenigmarchaeota" Rinke et al. 2013
"Candidatus Aenigmatarchaeota" corrig. Rinke et al. 2013
"Candidatus Diapherotrites" Rinke et al. 2013
"Candidatus Huberarchaea" Probst et al. 2018
"Candidatus Huberarchaeota" corrig. Probst et al. 2018
"Candidatus Iainarchaeota" corrig. Rinke et al. 2013
"Candidatus Micrarchaeota" Baker and Dick 2013
"Nanoarchaeota" Huber et al. 2002
"Candidatus Nanohalarchaeota" corrig. Rinke et al. 2013
"Candidatus Nanohaloarchaeota" Rinke et al. 2013
"Candidatus Parvarchaeota" Rinke et al. 2013
"Candidatus Undinarchaeota" Dombrowski et al. 2020

Cladogramme

D'après Tom A. Williams et al., 2017^[8] et Castelle & Banfield, 2018^[5] (DPANN) :

Publication originale

(en) Markus Göker et Aharon Oren, « Valid publication of names of two domains and seven kingdoms of prokaryotes », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Society for General Microbiology (d), vol. 74, n^o 1,‎ 22 janvier 2024 (ISSN 1466-5026 et 1466-5034, OCLC 807119723, PMID 38252124, DOI 10.1099/IJSEM.0.006242).

Notes et références

Cet article est partiellement ou en totalité issu de l'article intitulé « DPANN » (voir la liste des auteurs).

↑ ^{a et b} Göker et Oren 2024.
↑ ^{a et b} (en) « SUPPLEMENTARY INFORMATION : DPANN superphylum » [PDF], p. 12, dans (en) Christian Rinke, Patrick Schwientek, Alexander Sczyrba, Natalia N. Ivanova, Iain J. Anderson, Jan-Fang Cheng, Aaron Darling, Stephanie Malfatti, Brandon K. Swan, Esther A. Gies, Jeremy A. Dodsworth, Brian P. Hedlund, George Tsiamis, Stefan M. Sievert, Wen-Tso Liu, Jonathan Eisen, Steven J. Hallam, Nikos C. Kyrpides, Ramunas Stepanauskas, Edward M. Rubin, Philip Hugenholtz et Tanja Woyke, « Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter », Nature, NPG et Springer Science+Business Media, vol. 499, n^o 7459,‎ 14 juillet 2013, p. 431-437 (ISSN 1476-4687 et 0028-0836, OCLC 01586310, PMID 23851394, DOI 10.1038/NATURE12352).
↑ Castelle CJ, Wrighton KC, Thomas BC, Hug LA, Brown CT, Wilkins MJ, Frischkorn KR, Tringe SG, Singh A, Markillie LM, Taylor RC, Williams KH, Banfield JF, « Genomic expansion of domain archaea highlights roles for organisms from new phyla in anaerobic carbon cycling », Current Biology, vol. 25, n^o 6,‎ mars 2015, p. 690–701 (PMID 25702576, DOI 10.1016/j.cub.2015.01.014)
↑ Anja Spang, Eva F. Caceres et Thijs J. G. Ettema, « Genomic exploration of the diversity, ecology, and evolution of the archaeal domain of life », Science, vol. 357, n^o 6351,‎ 11 août 2017, eaaf3883 (PMID 28798101, DOI 10.1126/science.aaf3883)
↑ ^{a et b} (en) Castelle, C.J., Banfield, J.F., « Major New Microbial Groups Expand Diversity and Alter our Understanding of the Tree of Life », Cell, vol. 172, n^o 6,‎ 2018, p. 1181-1197 (PMID 29522741, DOI 10.1016/j.cell.2018.02.016)
↑ Ludington WB, Seher TD, Applegate O, Li X, Kliegman JI, Langelier C, Atwill ER, Harter T, DeRisi JL, « Assessing biosynthetic potential of agricultural groundwater through metagenomic sequencing: A diverse anammox community dominates nitrate-rich groundwater », PLOS ONE, vol. 12, n^o 4,‎ 6 avril 2017, e0174930 (PMID 28384184, PMCID 5383146, DOI 10.1371/journal.pone.0174930)
↑ ^{a et b} List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 15 mars 2025.
↑ (en) Tom A. Williams et al., Integrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life, publié en 2017 DOI 10.1073/pnas.1618463114
↑ ^{a et b} (en) Kiley W. Seitz, Nina Dombrowski, Laura Eme, Anja Spang, Jonathan Lombard et al., « Asgard archaea capable of anaerobic hydrocarbon cycling », Nature Communications, vol. 10,‎ 23 avril 2019, article n^o 1822 (DOI 10.1038/s41467-019-09364-x).

Liens externes

Sur les autres projets Wikimedia :

Catégorie Nanobdellati, sur Wikimedia Commons

(en) Catalogue of Life : Nanobdellati Rinke et al., 2024 (consulté le 15 mars 2025)
(en) LPSN : Nanobdellati Rinke et al. 2024 (consulté le 15 mars 2025)
(en) NCBI : Nanobdellati Rinke et al. 2024 (taxons inclus) (consulté le 15 mars 2025)
(fr) TAXREF : Nanobdellati Rinke, Schwientek, Sczyrba, Ivanova, Anderson, Cheng, Darling, Malfatti, Swan, Gies, Dodsworth, Hedlund, Tsiamis, Sievert, Liu, Eisen, Hallam, Kyrpides, Stepanauskas, Rubin, Hugenholtz & Woyke, 2024 (consulté le 15 mars 2025)

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[GökerOren2024-1] {a et b} Göker et Oren 2024.

[Rinke_et_al._2013-2] {a et b} (en) « SUPPLEMENTARY INFORMATION : DPANN superphylum » [PDF], p. 12, dans (en) Christian Rinke, Patrick Schwientek, Alexander Sczyrba, Natalia N. Ivanova, Iain J. Anderson, Jan-Fang Cheng, Aaron Darling, Stephanie Malfatti, Brandon K. Swan, Esther A. Gies, Jeremy A. Dodsworth, Brian P. Hedlund, George Tsiamis, Stefan M. Sievert, Wen-Tso Liu, Jonathan Eisen, Steven J. Hallam, Nikos C. Kyrpides, Ramunas Stepanauskas, Edward M. Rubin, Philip Hugenholtz et Tanja Woyke, « Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter », Nature, NPG et Springer Science+Business Media, vol. 499, n^o 7459,‎ 14 juillet 2013, p. 431-437 (ISSN 1476-4687 et 0028-0836, OCLC 01586310, PMID 23851394, DOI 10.1038/NATURE12352).

[pmid25702576-3] Castelle CJ, Wrighton KC, Thomas BC, Hug LA, Brown CT, Wilkins MJ, Frischkorn KR, Tringe SG, Singh A, Markillie LM, Taylor RC, Williams KH, Banfield JF, « Genomic expansion of domain archaea highlights roles for organisms from new phyla in anaerobic carbon cycling », Current Biology, vol. 25, n^o 6,‎ mars 2015, p. 690–701 (PMID 25702576, DOI 10.1016/j.cub.2015.01.014)

[4] Anja Spang, Eva F. Caceres et Thijs J. G. Ettema, « Genomic exploration of the diversity, ecology, and evolution of the archaeal domain of life », Science, vol. 357, n^o 6351,‎ 11 août 2017, eaaf3883 (PMID 28798101, DOI 10.1126/science.aaf3883)

[CCBJ2018-5] {a et b} (en) Castelle, C.J., Banfield, J.F., « Major New Microbial Groups Expand Diversity and Alter our Understanding of the Tree of Life », Cell, vol. 172, n^o 6,‎ 2018, p. 1181-1197 (PMID 29522741, DOI 10.1016/j.cell.2018.02.016)

[6] Ludington WB, Seher TD, Applegate O, Li X, Kliegman JI, Langelier C, Atwill ER, Harter T, DeRisi JL, « Assessing biosynthetic potential of agricultural groundwater through metagenomic sequencing: A diverse anammox community dominates nitrate-rich groundwater », PLOS ONE, vol. 12, n^o 4,‎ 6 avril 2017, e0174930 (PMID 28384184, PMCID 5383146, DOI 10.1371/journal.pone.0174930)

[LPSN15_mars_2025-7] {a et b} List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 15 mars 2025.

[WT2017-8] (en) Tom A. Williams et al., Integrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life, publié en 2017 DOI 10.1073/pnas.1618463114

[SK2018-9] {a et b} (en) Kiley W. Seitz, Nina Dombrowski, Laura Eme, Anja Spang, Jonathan Lombard et al., « Asgard archaea capable of anaerobic hydrocarbon cycling », Nature Communications, vol. 10,‎ 23 avril 2019, article n^o 1822 (DOI 10.1038/s41467-019-09364-x).

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