Le réseau Natura 2000 rassemble des aires protégées créées par les États membres de l'Union européenne sur la base d'une liste d'habitats et d'espèces menacés, définies par les deux directives européennes Oiseaux et Habitats, Faune, Flore.

La constitution du réseau Natura 2000 a pour objectif de maintenir la biodiversité, tout en tenant compte des exigences économiques, sociales, culturelles et régionales dans une logique de développement durable, et sachant que la conservation d'aires protégées et de la biodiversité présente également un intérêt économique à long terme^[1].

La volonté de mettre en place un réseau européen de sites naturels répondait à un constat : conserver la biodiversité n'est possible qu'en prenant en compte les besoins des populations animales et végétales, qui ne connaissent en effet pas les frontières administratives entre États. Ces derniers sont chargés de mettre en place le réseau Natura 2000 subsidiairement aux échelles locales. La cartographie du réseau est consultable en ligne^[2].

Le réseau de sites terrestres a été complété en 2008, puis en 2010, par un ensemble de sites maritimes, grâce à la démarche de l'Europe « Natura 2000 en mer ». Mi-2010, sur les 2 500 sites en cours de désignation « Natura 2000 », seulement cinquante étaient marins^[3]. Début 2011, le réseau était finalement étendu de près de 27 000 km² (principalement grâce à la République tchèque, au Danemark, à la France, l'Espagne et la Pologne), enrichi de zones marines (plus de 17 500 km²), ce qui lui fait atteindre près de 18 % du territoire terrestre de l'Union européenne et plus de 130 000 km² de ses mers et océans^[4].

En 2019, Natura 2000 constituait le plus grand réseau d'aires protégées (terrestres et marines) au monde : les 27 758 sites qui le composent couvrent une superficie totale de 1 322 630 km² (2017), soit 18,18 % de la surface terrestre et 9 % des domaines marins des vingt-sept pays de l'Union européenne (juillet 2018)^[5].

En 1976, la Commission européenne a émis une proposition de directive, qui a finalement été adoptée en 1979, visant à protéger les oiseaux sauvages. Elle enjoignait les neuf états-membres à établir des zones de protection spéciale (ZPS) considérant que la protection des oiseaux était une responsabilité transfrontalière nécessitant des actions conjointes.

En 1987, l'acte unique européen donne la compétence à l'Union européenne pour agir dans le domaine de l'environnement.

La directive habitats adoptée par les États membres de l'Union européenne le 21 mai 1992 est à l'origine de la création de Natura 2000 à la même date, elle exige des États membres la désignation de zones spéciales de conservations (ZSC)^[6],[7].

À terme, le réseau Natura 2000 doit être mis en place en application de la directive Oiseaux datant de 1979 (à l'origine de la création de ZPS des oiseaux) et de la Directive habitats datant de 1992 (à l'origine de la création de ZSC^[6],[7],[8]).

Encore en cours de constitution, il devait permettre de réaliser les objectifs fixés par la Convention sur la diversité biologique, adoptée lors du Sommet de la Terre de Rio de Janeiro en 1992.

La formation du réseau est initialement prévue pour l'an 2000 (d'où le chiffre 2000 accolé à Natura)^[9], et les listes des sites de conservation complétées en juin 2004^[10]. Les États membres de l'Union devaient sélectionner sur leur territoire les sites naturels qui devaient former le réseau, et fournir au plus tard en juin 1995 une liste nationale des sites soumis à la formation du réseau Natura 2000. En juin 1998 devait être achevée la seconde phase de constitution de Natura 2000, par la sélection définitive des sites d'importance communautaire (SIC), qui seraient ensuite intégrés au réseau Natura 2000 sous la désignation finale de ZSC. Toutefois, la désignation des sites a pris du retard dans de nombreux pays. Par exemple, le réseau de sites français n'a été validé qu'en 2007, après de nombreux échanges avec la Commission européenne et un contentieux pour « désignation insuffisante de sites au titre de la directive Habitats faune flore ». La Pologne a également été mise en garde en 2006 par la Commission européenne^[11].

Dans un objectif de développer le réseau écologique paneuropéen en mer, à la suite du Conseil des ministres du 5 novembre 2008, 76 nouveaux sites marins couvrant une surface de 24 000 km² sur les trois façades maritimes, ont été ajoutés au réseau Natura 2000. Les arrêtés du 31 octobre 2008 de désignation de treize sites ont été publiés au Journal officiel du 7 novembre 2008.

Une nouvelle extension concernant quinze États membres a eu lieu en 2010, ajoutant en 2010 « 739 sites » d'importance communautaire », dans six régions biogéographiques (régions alpine, atlantique, boréale, continentale, méditerranéenne et pannonienne). La Pologne a désigné 459 nouveaux sites (8 900 km² de grands lacs et systèmes fluviaux, plaines alluviales et forêts). La République tchèque a apporté 229 sites (dont hêtraies et prairies d'intérêt pour la biodiversité). Des ajustements de délimitation de sites existants ont aussi été faits.

Début 2011, le réseau comprenait plus de 26 000 sites.

La politique européenne pour mettre en place ce réseau s'appuie sur l'application des directives Oiseaux et habitats, adoptées respectivement en 1979 et 1992 pour donner aux États membres de l'Union européenne un cadre commun d'intervention en faveur de la préservation des espèces et des milieux naturels. C'est donc la réunion des deux directives qui doit permettre la création du réseau.

Deux types de sites interviennent dans le réseau Natura 2000 : les ZPS et les ZSC^{[N 1]}.

La directive Oiseaux de 1979 enjoint aux États membres de l'Union européenne de mettre en place des zones de protection spéciale (ZPS) sur les territoires les plus appropriés en nombre et en superficie afin d'assurer un bon état de conservation des espèces d'oiseaux menacées, vulnérables ou rares.

Les États sont libres dans leur méthodologie pour désigner des ZPS. Ces ZPS sont cependant validées par l'UE, sur la base de publications scientifiques, entre autres les inventaires de zones importantes pour la conservation des oiseaux produite par BirdLife International^[12].

En France en particulier, le ministère de l'Écologie, a chargé en 1979, le muséum national d'histoire naturelle et la ligue pour la protection des oiseaux d'identifier les sites qui pourraient devenir des ZPS^[13],[14].

Les zones spéciales de conservation (ZSC), instaurées par la directive habitats en 1992, ont pour objectif la conservation de sites écologiques présentant soit :

• des habitats naturels ou semi-naturels d'intérêt communautaire, de par leur rareté, ou le rôle écologique primordial qu'ils jouent (dont la liste est établie par l'annexe I de la directive Habitats) ;
• des espèces de faune et de flore d'intérêt communautaire, là aussi pour leur rareté, leur valeur symbolique, le rôle essentiel qu'ils tiennent dans l'écosystème (et dont la liste est établie en annexe II de la directive habitats).

La désignation des ZSC est plus longue que les ZPS. Chaque État commence à inventorier les sites potentiels sur son territoire. Il fait ensuite des propositions à la Commission européenne, sous la forme de pSIC (proposition de site d'importance communautaire, accompagné d'un FSD - formulaire standard de données^[15]). Après approbation par la Commission, le pSIC est inscrit comme site d'intérêt communautaire pour l'Union européenne et est intégré au réseau Natura 2000. Un arrêté ministériel désigne ensuite le site comme ZSC, lorsque son document d'objectif est terminé et approuvé (voir ci-dessous).

Chaque État membre ayant une façade littorale doit désigner un réseau cohérent et suffisant d'habitats naturels et d'espèces d’intérêt communautaire présents dans l’espace maritime, avant mi-2008. Pour les aider, la Commission européenne a publié un guide d’application de Natura 2000 en mer^{[N 2]} précisant : les aspects juridique et politique (directive-cadre sur l'eau, politique maritime européenne, conventions régionales et internationales…) ; les définitions et recensement (par pays) des habitats et des espèces d’importance communautaire ; les éléments permettant de localiser, évaluer et de sélectionner des sites ; les mesures de gestion à y proposer et les liens avec la politique commune de la pêche. En France, les préfets ont en novembre 2007^[16] lancé, sur des bases scientifiques, les procédures de désignation avec les directions régionales de l'Environnement et collectivités et acteurs de la mer, sur 96 secteurs considérés comme pertinents par le Muséum national d'histoire naturelle de Paris avec un triple objectif :

1. retenir l’espace biologiquement nécessaire à la conservation des habitats et des espèces, en justifiant chaque site et en le considérant comme une « unité écologiquement fonctionnelle » ;
2. envisager les unités de gestion pour un découpage cohérent des sites, en veillant au respect des exigences scientifiques, que chaque site représentera une unité de gestion, au regard des règles fixées par le code de l’environnement ;
3. entourer la définition des périmètres des sites de toutes les expertises et de la concertation, dans le respect des exigences scientifiques fixées par les directives communautaires.

La gestion devant ensuite prendre en compte les exigences économiques, sociales, culturelles en jeu.

La Commission engage aussi les États membres à combler leurs lacunes scientifiques et encore améliorer la représentativité du réseau marin.

La directive habitats n'imposait pas de méthode particulière à employer pour la désignation des sites ou le type de gestion à employer ; chaque État membre pouvant employer les méthodes qu'il souhaitait. La réglementation varie ainsi selon les États :

• stratégies d’achat de terres (Danemark, Pays-Bas) ;
• plans de gestion imposant des travaux de restauration (Belgique en Wallonie) ;
• plans de gestion réglementant la circulation pendant une période donnée (Belgique en Flandre) ;
• gestion nécessitant l’utilisation de permis pour la réalisation de certaines activités (Finlande).

La plupart des pays essaient d’utiliser les mesures agroenvironnementales pour les activités agricoles dans le périmètre des sites Natura 2000, complété dans quelques pays par une approche contractuelle supplémentaire.

Seuls la France et le Royaume-Uni ont initialement développé des approches exclusivement contractuelles pour l’ensemble des activités présentes dans les périmètres, avec un certain retard et des faiblesses dans l'application de la directive. À partir de 2011, la France met en place des évaluations des incidences pour réguler les activités humaines potentiellement néfastes pour l'environnement.

La gestion peut être centralisée, comme dans certains pays du Nord de l'Europe, ou décentralisée, par exemple, en Allemagne la désignation et la gestion des sites sont confiées aux Länder, en Belgique aux régions. Dans le cas de la Suède, la gestion des sites est confiée aux communes^{[réf. souhaitée]}. La Grèce quant à elle comptait en 2003, créer des entités privées, mais contrôlées par l'État pour gérer ses sites^[17]. En France, la gestion des sites, initialement une compétence exclusive de l'État, a été progressivement transférée aux régions (et seulement partiellement)^[18].

Le texte de la directive habitats prévoit que la prise en charge et l'application des mesures de protection et de gestion des sites peut imposer une charge financière trop importante pour certains États (du simple fait de la répartition inégale des sites d'importance communautaire au sein de l'Union européenne). Le cas échéant, un cofinancement peut être prévu entre les États membres et la Communauté.

D'une façon générale, le financement des sites Natura 2000 et des contrats passés avec les utilisateurs peut être assuré par une ou plusieurs sources. Dans le cas français, il peut s'agir des fonds nationaux de gestion des espaces naturels, des fonds propres à Natura 2000 inscrits dans le cadre des contrats de projets État-région, du fonds européen agricole pour le développement rural, des fonds Life. Ce dernier est d'ailleurs majoritairement consacré aux projets intéressant les sites Natura 2000 et a ainsi permis de mettre en place la reproduction en captivité du lézard géant de La Gomera^[19] (Gallotia bravoana) que l'on croyait disparu, la protection en Hongrie des habitats de la vipère d'Orsini hongroise^[20], la protection et la restauration de prairies et zones humides dans les Alpes autrichiennes, la rédaction des plans de gestion Natura 2000 de très nombreux sites, etc.

L'Union européenne encourage les partenariats entre le public et les entreprises et attribue des prix dénommés « Partenaire de Natura 2000 » (Natura 2000 Partner Reward Scheme) pour la gestion en partenariat du réseau Natura 2000 et la communication sur ce réseau. La Commission a proposé de créer une plate-forme européenne d'appui technique sur le thème entreprises et biodiversité^[21].

Chaque État membre doit maintenir ou restaurer un état de conservation favorable pour certaines espèces et habitats (dits d'intérêt européen) afin de contribuer au maintien de la biodiversité, lequel est nécessaire au bon état écologique par exemple demandé par la directive-cadre sur l'eau. Une évaluation est requise par la directive^[22] tous les six ans, incluant :

• une évaluation de la contribution du réseau Natura 2000 à l'atteinte d'un état de conservation favorable pour les habitats et espèces d’intérêt communautaire ;
• une évaluation de la contribution de Natura 2000 au maintien de la biodiversité (via la conservation des habitats naturels et des espèces sauvages) ;
• une évaluation de la contribution du réseau Natura 2000 à la conservation de la biodiversité en général.

Les paramètres utilisés pour le calcul de cet « état de conservation » sont :

• pour un habitat : son aire de répartition naturelle, la surface recouverte par l'habitat, la structure et les fonctionnalités spécifiques de l'habitat, dont les espèces typiques, les perspectives futures qui lui sont associées ;
• pour une espèce : son aire de répartition naturelle, l'état de sa population, l'état de son habitat (habitat d'espèce), les perspectives futures qui lui sont associées.

Ce premier état des lieux s'est fait dans un cadre méthodologique commun pour tous les États membres^[23],[24].

En 2009, le « bon état de conservation » (tout comme le bon état écologique visé par la directive-cadre sur l'eau) n'est pas atteint pour de nombreux milieux, dont en France^[25].

En 2020, la fin du plan stratégique 2011-2020 de la Convention sur la diversité biologique est l'occasion pour l'Union européenne de redéfinir un cadre stratégique global. L’efficacité de la gestion des aires protégées en Europe a besoin d'être améliorée. La nouvelle stratégie pour 2030 s'engage à gérer toutes les aires protégées, définir des objectifs et mesures de conservation claires, afin de surveiller l'évolution. L'application des directives Oiseaux et habitats est essentielle^[26].

En 2006 (1^re évaluation), dix nouveaux États membres avaient soumis leurs propositions de sites pour le réseau Natura 2000, certains pour une grande superficie (près de 30 % de la superficie de la Slovénie sont proposés en ZSC^[27]).

En juin 2007, l'Union européenne comptait 4 617 ZPS, pour une superficie de 454 723 km², et 20 862 ZSC d'une superficie totale de 560 445 km². Mais de nombreux sites ont été désignés, dans leur totalité ou en partie, selon les deux directives. On ne peut donc pas additionner ces surfaces pour obtenir un chiffre global pour l'ensemble du réseau Natura 2000.

En décembre 2018, l'Union européenne comptait 5 646 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 843 245 km2, et 24 191 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie totale de 1 051 569 km², ce qui représente 18 % de la surface terrestre et marine du territoire de l'Union européenne^[28].

Le réseau de sites Natura 2000 en Allemagne est très riche, mais est aussi plus fragmenté que le réseau français.

En décembre 2018, l'Allemagne comptait 5 200 sites dont^[28] :

• 742 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 59 998 km2.
• 4544 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 54 466 km² ;

La superficie totale est de 80 816 km2, ce qui représente 15,5 % de la surface terrestre et marine du territoire de l'Allemagne.

En décembre 2018, l'Autriche comptait 350 sites dont :

• 99 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 10 236 km²;
• 304 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 9 381 km².

La superficie totale est de 12 874 km², ce qui représente 15,4 % de la surface terrestre du territoire de l'Autriche^[29].

En décembre 2018, la Belgique comptait 310 sites dont :

• 255 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 3 504 km² ;
• 281 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 4 409 km².

La superficie totale est de 5 163 km², ce qui représente 12,7 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Belgique^[29].

En décembre 2018, la Bulgarie comptait 339 sites dont :

• 119 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 25 776 km² ;
• 233 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 35 740 km².

La superficie totale est de 41 048 km², ce qui représente 34,5 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Bulgarie^[29].

En décembre 2018, la Croatie comptait 779 sites dont :

• 38 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 18 146 km² ;
• 741 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 20 708 km².

La superficie totale est de 25 690 km², ce qui représente 36,6 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Croatie^[29].

En décembre 2018, Chypre comptait 64 sites dont :

• 30 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 1 644 km² ;
• 41 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 877 km².

La superficie totale est de 1 785 km², ce qui représente 28,8 % de la surface terrestre et marine du territoire de Chypre^[29].

En décembre 2018, le Danemark comptait 384 sites dont :

• 124 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 14 664 km² ;
• 269 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 19 781 km².

La superficie totale est de 22 664 km², ce qui représente 8,4 % de la surface terrestre et marine du territoire du Danemark^[29].

En décembre 2018, l'Espagne comptait 1 863 sites dont :

• 647 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 153 566 km² ;
• 1467 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 172 473 km².

La superficie totale est de 222 420 km², ce qui représente 27,3 % de la surface terrestre et marine du territoire de l'Espagne^[29].

En décembre 2018, l'Estonie comptait 567 sites dont :

• 66 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 12 683 km² ;
• 541 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 11 689 km².

La superficie totale est de 14 861 km², ce qui représente 17,9 % de la surface terrestre et marine du territoire de l'Estonie^[29].

En décembre 2018, la Finlande comptait 1 866 sites dont :

• 470 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 31 952 km² ;
• 1721 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 49 873 km².

La superficie totale est de 50 636 km², ce qui représente 12,6 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Finlande^[29].

En décembre 2018, le réseau Natura 2000 compte en France 1 779 sites dont 212 sites marins, comprenant :

• 402 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux ;
• 1 377 zones spéciales de conservation (ZSC) pour les habitats et les espèces.

La superficie totale est de 200 364 km², ce qui représente 12,9 % de la surface terrestre et marine du territoire de la France^[28].

En décembre 2018, la Grèce comptait 446 sites dont :

• 207 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 36 161 km² ;
• 265 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 39 440 km².

La superficie totale est de 58 778 km², ce qui représente 27,3 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Grèce^[29].

En décembre 2018, la Hongrie comptait 525 sites dont :

• 56 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 13 747 km² ;
• 479 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 14 442 km².

La superficie totale est de 19 949 km², ce qui représente 21,4 % de la surface terrestre du territoire de la Hongrie^[29].

En décembre 2018, l'Irlande comptait 604 sites dont :

• 165 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 5 895 km² ;
• 439 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 16 950 km².

La superficie totale est de 19 486 km², ce qui représente 13,1 % de la surface terrestre et marine du territoire de l'Irlande^[29].

En décembre 2018, l'Italie comptait 2 613 sites dont :

• 613 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 44 132 km² ;
• 2335 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 48 699 km².

La superficie totale est de 64 124 km², ce qui représente 19 % de la surface terrestre et marine du territoire de l'Italie^[29].

En décembre 2018, la Lettonie comptait 333 sites dont :

• 98 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 10 890 km² ;
• 329 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 10 085 km².

La superficie totale est de 11 834 km², ce qui représente 11,5 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Lettonie^[29].

En décembre 2018, la Lituanie comptait 556 sites dont :

• 84 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 6 586 km² ;
• 481 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 7 246 km².

La superficie totale est de 9 649 km², ce qui représente 12,4 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Lituanie^[29].

En décembre 2018, le Luxembourg comptait 66 sites dont :

• 18 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 418 km² ;
• 48 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 416 km².

La superficie totale est de 702 km², ce qui représente 27 % de la surface terrestre du territoire du Luxembourg^[29].

En décembre 2018, Malte comptait 52 sites dont :

• 21 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 3 237 km² ;
• 37 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 2 323 km².

La superficie totale est de 4 183 km², ce qui représente 13,3 % de la surface terrestre (316 km²) et marine du territoire de Malte^[29].

En décembre 2018, les Pays-Bas comptait 196 sites dont :

• 77 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 13 397 km² ;
• 139 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 15 213 km².

La superficie totale est de 20 605 km², ce qui représente 13,3 % de la surface terrestre et marine du territoire des Pays-Bas^[29].

En décembre 2018, la Pologne comptait 987 sites dont :

• 145 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 55 617 km² ;
• 849 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 38 526 km².

La superficie totale est de 68 401 km², ce qui représente 19,6 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Pologne^[29].

En décembre 2018, le Portugal comptait 166 sites dont :

• 62 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 17 952 km² ;
• 107 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 46 598 km².

La superficie totale est de 57 062 km², ce qui représente 20,7 % de la surface terrestre et marine du territoire du Portugal^[29].

En décembre 2018, la République tchèque comptait 1 153 sites dont :

• 41 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 7 035 km² ;
• 1112 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 7 951 km².
• La superficie totale est de 11 148 km², ce qui représente 14,1 % de la surface terrestre du territoire de la République tchèque^[29].

En décembre 2018, la Roumanie comptait 606 sites dont :

• 171 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 38 748 km² ;
• 435 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 46 498 km².
• La superficie totale est de 60 577 km², ce qui représente 22,7 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Roumanie^[29].

En décembre 2018, le Royaume-Uni comptait 934 sites dont :

• 276 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 37 597 km2 ;
• 660 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 134 921 km².
• La superficie totale est de 153 137 km2, ce qui représente 8,6 % de la surface terrestre et marine du territoire du Royaume-Uni^[29].

Le Royaume-Uni a quitté l'Union européenne, à la suite d'un processus (Brexit), débuté en 2016. Le pays ne soumets plus de rapports de l'état de conservation de ses sites depuis 2017.

En décembre 2018, la Slovaquie comptait 683 sites dont :

• 41 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 13 105 km2 ;
• 642 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 6 151 km².
• La superficie totale est de 14 633 km2, ce qui représente 30 % de la surface terrestre du territoire de la Slovaquie^[29].

En décembre 2018, la Slovénie comptait 355 sites dont :

• 31 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 5 075 km2 ;
• 324 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 6 638 km².
• La superficie totale est de 7 682 km2, ce qui représente 37,8 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Slovénie^[29].

En décembre 2018, la Suède comptait 4 087 sites dont :

• 548 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux sur une superficie de 40 896 km2 ;
• 3991 zones spéciales de conservation (ZSC) (dont les pSIC, SIC) pour les habitats et les espèces sur une superficie de 75 280 km².
• La superficie totale est de 75 854 km2, ce qui représente 13,4 % de la surface terrestre et marine du territoire de la Suède^[29].

L'entrée dans l'Union européenne des nouveaux États membres (dix nouveaux États en 2004, plus la Bulgarie et la Roumanie en 2007 et la Croatie en 2013), a provoqué la nécessaire mise à jour des habitats naturels et des espèces animales et végétales qui pouvaient bénéficier de l'inscription à Natura 2000. En effet, les nouveaux membres d'Europe centrale et orientale recèlent des espèces et des habitats naturels qui, en Europe de l’Ouest, n'existent naturellement pas, sont réduits à de faibles surfaces ou ont parfois disparu.

Cette mise à jour a surtout consisté à actualiser les annexes des directives. Dans la directive habitats, de nouveaux habitats naturels sont inscrits à l'annexe I (habitats dits « d'intérêt communautaire »), comme les forêts calcicoles de pins sylvestres des Carpates occidentales, forêts de Cedrus brevifolia, etc.^[31]. De nouvelles espèces animales et végétales ont été inscrites à la directive ou ont vu leur statut modifié, comme le bison d'Europe, la tortue verte Chelonia mydas, la chauve-souris Rousettus aegyptiacus, le protée anguillard, plusieurs espèces de coléoptères et de papillons tel le cuivré de la bistorte (Lycaena helle), mais également de nombreuses espèces de plantes^[31].

De nouvelles espèces d'oiseaux ont également été ajoutées aux annexes de la directive oiseaux, ou ont vu leur statut évoluer comme le faucon sacre (Falco cherrug), le gravelot à collier interrompu (Charadrius alexandrinus), la mouette pygmée (Larus minutus), etc.

En ce qui concerne les grands carnivores par exemple, des dérogations ont été demandées par les nouveaux États membres^[32], du fait des fortes populations que certains pays possèdent encore. La Roumanie par exemple, comptait en 2005 près de 6 900 ours bruns sur son territoire, dans la chaîne montagneuse des Carpates. En Lituanie, les loups sont encore chassés comme gibier, dans le respect de certains quotas et durant une période précise de l'année, du fait des fortes populations dans le pays. Le pays a donc obtenu une dérogation géographique pour les annexes II et IV de la directive Habitats, ce qui lui permet de ne pas désigner de nouvelles zones spéciales de conservation pour le loup (tant que l'état de conservation des populations lituaniennes reste bon néanmoins).

La directive Habitats, puis le réseau Natura 2000 ont été accueillis par de vives critiques de la part de nombreuses personnes ou lobbies dans plusieurs des États membres de l'Union européenne, dont la France^[33],[34]. La méfiance, voire le rejet des politiques européennes, de la part de certaines catégories d'acteurs refait périodiquement surface, notamment sur des sujets « sensibles » de conservation de la nature, comme le retour ou la réintroduction de grandes espèces de carnivores : ours brun, loup, lynx.

En France, un long et vigoureux débat a été nécessaire avant que les préfets et le ministère de l'Environnement et de l'Agriculture puissent constituer le réseau Natura 2000 sur le terrain, en montrant notamment que Natura 2000 n'était pas une « mise sous cloche » ou une confiscation des terres, mais une possibilité de travailler positivement et en commun au développement durable des espaces naturels d'importance communautaire^{[N 3]}. Des maires français disent s'être sentis obligés par les préfets de classer le territoire de leur commune pour entrer en conformité avec la directive Habitats, parfois pour de grandes surfaces du territoire communal^[35].

Une étude basée sur 149 publications scientifiques couvrant la période 1998-2014^[36] publiée en 2016 a porté sur les liens entre les aspects sociaux du réseau Natura 2000 et ses effets en matière de conservation de la nature. Elle a conclu que la gouvernance (complexe) de la biodiversité est étroitement liée aux processus sociaux et économiques et au comportement humain, et donc à l'appréciation que nous avons de ce qui pourrait améliorer la protection effective de la Nature. Les chercheurs ont cherché à identifier les lacunes en matière de connaissance, et à produire des recommandations pour améliorer la mise en œuvre du réseau. Ils estiment que Natura 2000 a montré être une initiative globalement réussie, mais encore améliorable : la participation des parties prenantes est encore trop limitée, la perception du réseau est trop négative et il existe un manque de considération du contexte local, notamment en raison de règles d'application manquant de souplesse. Ces trois éléments entravent l'efficacité du réseau, plus ou moins selon les États-Membres. Les auteurs recommandent donc d'augmenter la sensibilisation du public quant à l'importance de ce réseau, d'améliorer les capacités des autorités locales et les compensations pour les propriétaires privés^[37] et d'explorer les effets de la participation sur la conservation de la nature. Ils constatent aussi un manque d'analyse de type coût-avantages.

En 2013, le réseau natura 2000 recouvrait relativement bien les aires de répartition des espèces menacées (oiseaux mammifères et reptiles)^[40].

Selon une étude de 2023, la directive habitats a permis d'améliorer le suivi des espèces, mais n'a pas atteint son objectif de protection, la tendance à la réduction des aires de répartition des espèces d'intérêt communautaire s'est aggravée en Europe centrale^[41].

Cependant, une autre étude menée en 2019, montre que si la part des milieux artificiels a augmentée d'environ 21 % entre 1990 et 2012, dans les sites Natura 2000 la tendance à l'augmentation de l'artificialisation des terres a été stoppée depuis la mise en place du réseau Natura 2000 (c'est-à-dire sur la période 2006-2012)^[42]. La situation est contrastée en fonction des pays et des milieux. Par exemple les steppes agricoles, un habitat particulièrement important pour les oiseaux, se réduit à la fois à l'extérieur et à l'intérieur des sites Natura 2000, même si la perte est plus lente dans le réseau Natura 2000. En étudiant seulement 21 zones de protection spéciale dans la péninsule Ibérique, Gameiron et ses collègues, ont estimés que la surface de steppe agricole perdue aurait pu hébergé 500 Grandes Outardes^[43].

Le réseau Natura 2000 échoue à protéger les oiseaux des milieux agricoles méditerranéens, comme le montre l'exemple du site « Estepas cerealistas de los ríos Jarama y Henares », en Espagne, car la politique agricole commune a un effet extrêmement négatif sur ces milieux^[44].

• Directive  92/43/CEE du Conseil concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages, 31992L0043, adoptée le 21 mai 1992, JO du 22 juillet 1992, p. 7–50, entrée en vigueur le 10 juin 1992 [consulter en ligne, notice bibliographique]
  
• Décret n° 2011-966 du 16 août 2011 relatif au régime d’autorisation administrative propre à Natura 2000 (lire en ligne)
• (en) Direction générale de l'environnement, Interpretation Manual of European Union Habitats, Commission européenne, juillet 2007, 144 p. (lire en ligne)
• Commission européenne, « Environnement: un grand jour pour les saumons, les loutres et les forêts de hêtres », sur Europa, Bruxelles, 10 janvier 2011

• B. Maresca, G. Poquet, M. Ranvier, P. Temple, F. Benevise, G. Dubois, J. Raoul-Duval et A.-L. Ughetto, Évaluation économique et institutionnelle du programme Natura 2000 en France, Centre de recherche pour l’étude et l’observation des conditions de vie, mars 2006 (lire en ligne)
• B. Maresca, G. Poquet, M. Ranvier et A. Dujin, Évaluation économique et institutionnelle du programme Natura 2000 en France, Centre de recherche pour l’étude et l’observation des conditions de vie, septembre 2008 (lire en ligne)
• F. Bensettiti et J. Trouvilliez, Rapport synthétique des résultats de la France sur l'état de conservation des habitats et des espèces conformément à l'article 17 de la directive habitats, Paris, 2009, 48 p. (lire en ligne)
• Stéphanie Aulong, Directive Habitats et la mise en œuvre du réseau Natura 2000 en Europe : analyse comparative, Station biologique de La Tour du Valat, 2003
• « EU warns Poland over environment », BBC News,‎ 11 août 2006 (lire en ligne)
• C. Deverre, A. Fortier, P. Alphandéry et C. Lefebvre, « Les scènes locales de la biodiversité : la construction du réseau Natura 2000 en France », INRA Sciences Sociales,‎ octobre 2007 (lire en ligne)
• F. Pinton et al., La construction du réseau Natura 2000 en France, Paris, La Documentation française, 254 p. (lire en ligne)
• La Biodiversité : un enjeu environnemental et économique pour les territoires : Synthèse de la Conférence Reverse, Bordeaux, 25 juin 2010 (lire en ligne)
• (en) Emeline Hily, Serge Garcia, Anne Stenger et Gengyang Tu, « Assessing the cost-effectiveness of a biodiversity conservation policy: A bio-econometric analysis of Natura 2000 contracts in forest », Ecological Economics, vol. 119,‎ novembre 2015, p. 197-208
• Jean-François Le Grand, Mise en œuvre de la directive 92/43/CEE du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages : Rapport d'information n° 23, 2003 (lire en ligne)

• (en) « Viewer Natura 2000 », sur le site de Natura 2000
• « Natura 2000 Barometer », sur Europa
• Nathalie Galiri, « Interview de Axel Ssymank de l’Office fédéral pour la protection de la nature en Allemagne », 2007 (consulté le 16 décembre 2007)

• Mise en œuvre de la directive 92/43/CEE du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages (Rapport n°309 année 1996/1997). Jean-François Le Grand, sénateur de la Manche (Basse-Normandie).
• Natura 2000 : Préserver la biodiversité européenne, publié le 2008/11/11, en livre numérique Français ou en livre papier (ISBN 978-92-79-08309-9).

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