Le jeu se déroule dans un monde fantastique nommé Filgaia. Le joueur suit les aventures d'un groupe d'aventuriers mécréants appelés les Dream Chasers. Ils parcourent le monde à la recherche de plaisir et de richesse. Le joueur prend le contrôle d'un jeune homme, Rudy, qui a la capacité de faire fonctionner les Ancient Relic Machines, des armes puissantes similaires à des armes à feu.
Le monde de Filgaia était un monde verdoyant, et ce grâce à la protection des Gardiens. Malheureusement, une mystérieuse invasion de démons fit rage, et les Gardiens périrent un par un. La verdure s’estompa pour ne laisser qu’une large étendue désertique.
Mille ans après ces événements, les peuples de Filgaia commencèrent à construire une nouvelle civilisation sur ces terres arides. Cependant les démons attendaient dans l’ombre l’heure de leur victoire sur la planète. Et Filgaia allait devoir se préparer à une nouvelle invasion…
C’est à ce moment que trois personnes, portant sur leurs épaules l’avenir de Filgaia, vont embarquer dans un long périple.
Wild Arms est un RPG dans lequel le joueur prend le contrôle de trois personnages différents, soit Rudy, Jack ou Cecilia. Ils évoluent à travers différents environnements dans lesquels ils doivent résoudre des énigmes et combattre des ennemis. Les phases d'exploration sont affichées en deux dimensions avec une vue de dessus[1]. Pour progresser dans le jeu, le joueur doit accomplir différentes quêtes qui, la plupart du temps, impliquent de s'aventurer dans des donjons remplis de monstres qui apparaissent aléatoirement.